A ja bym wolał mieć szyby na korbkę niż
nie móc wajchować biegami

Ale zgadzam się z pierwszą częścią – zależy, co kto lubi.
Co do trwałości – skrzynie manualne (zwłaszcza z początków produkcji) miały tendencje do zgrzytania na niektórych biegach, czasami nawet niektóre biegi potrafiły nie wejść (mi się kiedyś skończyła dwójka przy wyprzedzaniu ciężarówki :/)... Z czasem się poprawiało samo, niektórym pomagała regulacja cięgien, była też jakaś nota serwisowa na wymianę bodajże niektórych biegów (zębatek). U mnie od ok. 130 tys. km czwórka czasami potrafiła mocno trząść drążkiem (szwagier, który ma ten samochód teraz powiedział, że pomaga dopchnięcie wajchy). Przy niskich temperaturach (ale co ciekawe – raczej nie przy ujemnych, tylko gdzieś między 0 a 10 stopni) biegi wchodziły z zauważalnym oporem do czasu rozgrzania oleju w skrzyni.
Wiem, że powyższe pewnie brzmi strasznie, ale w sumie nie jest tak źle

Praktycznie wszystkie problemy nie występują stale, a na tle innych manuali, którymi jeździłem (a jeździłem tylko jednym automatem) ten od Mazdy jest zdecydowanie w górnej połowie.
Automat – nie miałem, ale były na forum ze dwa przypadki, że komuś skrzynia się rozsypała (chyba nie w Mazdzie 3, ale to była raczej taka sama skrzynia). Czytałem też o wypadkach, że komuś samochód skoczył sam z siebie na parkingu (czasem powodując stłuczkę), ale oczywiście ciężko stwierdzić, czy to była wina skrzyni czy jednak kierowcy. Innych problemów nie kojarzę, ale też nie interesowałem się szczególnie.
W skrócie powiedziałbym tak – zastanów się, czym chcesz jeździć, bo to znacznie ważniejsze, niż rzeczywiste czy urojone problemy tych skrzyń. A potem weź to, co ci bardziej pasuje.
Sprawdziłem też ceny skrzyń na Allegro i plasują się w zakresie 500-1500zł (zarówno manual, jak i automat), co oznacza dwie rzeczy:
* nie psuje się ich dużo (bo wtedy byłyby dużo droższe)
* jakby nawet ci się całkiem rozsypała, to wymiana cię nie zrujnuje