Na system hamowania Mazdy3 składają się wentylowane, przednie hamulce tarczowe - w zależności od modelu o średnicy 278 lub 300 mm oraz tylne hamulce tarczowe - o średnicy 265 lub 280mm. Tarcze są większe i grubsze niż stosowano w modelu Mazdy323 i zapewniają znakomitą efektywność hamowania i właściwą reakcję. System hamowania wzmocniony jest przez 10-calowe (255 mm) podciśnieniowe urządzenie wspomagające. Dzięki zastosowanym udoskonaleniom osiągnięto jedną z najniższych w tym segmencie dróg hamowania ze 100 km/h wynosi ona zaledwie 37 m. Efektywność hamowania Mazdy3, to także zasługa standardowo montowanego systemu ABS działającego na cztery koła, elektronicznego rozdziału siły hamowania EBD i wbudowanego mechanicznego wspomagania hamowania. Zapewnia to stabilne zachowanie samochodu nawet na śliskich nawierzchniach, w nieoczekiwanych sytuacjach, bez względu na to czy przy pełnym załadunku czy prawie pustym. Systemy stabilizacji toru jazdy DSC i kontroli trakcji TCS dostępne są opcjonalnie.