Podobnie jak w poprzednich modelach nowej generacji, również przy konstrukcji Mazdy3 użyto najnowocześniejszych technologii dla zwiększenia bezpieczeństwa jazdy. Zastosowana gama rozwiązań w tym zakresie zdecydowanie przewyższa oczekiwania klientów. Bezpieczeństwo jazdy zapewniają już same doskonałe charakterystyki silnika, układ wspomagania i hamowania. Uzupełnieniem tego jest jednak również pełna gama elementów czynnego bezpieczeństwa: ABS działający na 4 koła, elektroniczny system rozdziału siły hamowania - EBD, awaryjne wspomaganie systemu hamowania, oraz opcjonalnie: system stabilizacji toru jazdy - DSC i kontroli trakcji TCS. Bardzo istotną funkcję spełnia "inteligentny" system oświetlenia polegający na automatycznym włączeniu reflektorów w zależności od zmieniającej się widoczności na drodze. Czujniki wykrywają pojawiające się na zewnątrz różnice w natężeniu oświetlenia np. pomiędzy ciemnością z przodu i jasną przestrzenią powyżej, może to oznaczać tunel, i wówczas włączane są automatycznie reflektory. Po wyjechaniu z niego reflektory wyłączą się. System nie zareaguje, gdy samochód chwilowo znajdzie się w przyciemnionej przestrzeni, włączy się natomiast przy zapadającym zmierzchu. Ułatwia to kierowcy szybsze dostosowanie się do gwałtownych zmian warunków podróżowania. System ten zwiększa również trwałość reflektorów. Dalszym elementem czynnego bezpieczeństwa jest zastosowanie czujnika powodującego włączenie wycieraczek podczas deszczu, który jednocześnie kontroluje potrzebę zmiany prędkości ich pracy jaki i wyłączenia. Niezwykle ważnym elementem systemu biernego bezpieczeństwa jest struktura nadwozia. Mazda3 Hatchback została zaprojektowana z wykorzystaniem sytemu MAIDAS (Mazda Advanced Impact and Absorption System - Zaawansowany System Pochłaniania Energii Uderzenia) i unikalnego, charakterystycznego tylko dla Mazdy, układu trzech ram w kształcie litery H. W razie kolizji - dzięki odpowiedniemu, różnokierunkowemu rozprowadzeniu energii uderzenia i odpowiedniej sztywności kabiny - zapewnia on pasażerom bezpieczną przestrzeń. W nowej Maździe3 zastosowano również : dwustopniowe przednie poduszki powietrza, pasy bezpieczeństwa z napinaczami i ogranicznikami przeciążenia, boczne poduszki powietrza i - opcyjnie - kurtyny powietrzne. Struktura tyłu Mazdy3 jest wyjątkowo sztywna. Została zaprojektowana tak, aby spełnić najostrzejsze na świecie amerykańskie wymogi bezpieczeństwa. Mocne, o wysokiej wytrzymałości na rozciąganie, stalowe blachy w ramie tylnej części samochodu, w maksymalnym stopniu absorbują energię w przypadku uderzenia z tyłu. Natomiast umieszczenie zbiornika paliwa przed tylną osią zmniejsza do minimum niebezpieczeństwo uszkodzenia w razie kolizji. Wśród innych elementów decydujących o bezpieczeństwie należy wymienić: składaną kolumnę kierownicy i pedał hamulca, absorbujący energię uderzenia słupek środkowy oraz materiały, z których wykonana jest tapicerka dachu i boków kabiny pasażerskiej. Składa się to wszystko na jeden z najlepszych w tej klasie zestaw elementów biernego bezpieczeństwa. Wewnętrzne testy wskazują, że powinna ona otrzymać co najmniej 4 gwiazdki w 5-gwiazdkowym systemie Euro NCAP.